Prisciliano fundó una escuela ascética, rigorista, de talante libertario, precursora del movimiento monacal, y opuesta a la creciente opulencia de la jerarquía eclesiástica imperante en el siglo IV. Los aspectos más polémicos, en cuestiones formales, son el nombramiento de «maestros» o «doctores» a laicos, la presencia de mujeres en las reuniones de lectura y su marcado carácter ascético.
Códices de Wurzburgo
Por muchos años, las doctrinas realmente defendidas por Prisciliano no fueron conocidas y solamente se sabía de ellas por los ataques y condenas de sus enemigos. Pero en 1885, el erudito Georg Schepss encontró en la biblioteca Universidad de Würzbourg, un códice de finales del siglo V, que reproduce once textos de Prisciliano o de los priscilianistas:13 *Liber Apologeticus, se dedica a refutar las acusaciones en el sentido de que Prisciliano defendía ideas gnósticas, maniqueas, patripasianas o de la otra lista de herejías que le imputaban.
Liber ad Damasum obispum, da una versión diferente a la de sus contrincantes, sobre lo acontecido en los concilios hispanos y contradice otra vez las acusaciones de herejía.
Benedictio super fideles, una exhortación moral a los fieles, con estilo oratorio, basado en los escritos de Hilario de Poitiers.
Tractus at populum I, sermones al pueblo cristiano.
Tractus at populum II, sermones.
Tractus Genesis, defiende la creación del universo por Dios y rechaza tanto la idea de la eternidad del mundo, como la divinización de los astros y la demonización de la naturaleza. Sigue una interpretación alegórica del relato de la creación y el pecado.
Tractus Exodus, expone su ideal ascético y la prefiguración de Cristo en la Pascua.
Tractus Paschae, una exhortación espiritual para el tiempo pascual.
Lyber de fide et apocryphis, defiende la conveniencia de la lectura por los cristianos de los apócrifos del Antiguo Testamento.
Comentario al Salmo 1.
Comentario al Salmo 3, estos comentarios a los dos Salmos se centran en el sentido alegórico y en la propuesta de una renovación interna que convierta a la persona en "templo digno de Cristo".
Cuando Schepss examinó estos escritos priscilianistas, encontró que en gran parte sus puntos de vista estaban basados en Hilario de Poitiers, cuyo método alegórico de interpretación de la Biblia, Prisciliano sigue. Schepss opinaba que Prisciliano fue la primera víctima de la inquisición española. El teólogo Friedrich Paret, por entonces profesor del Seminario Evangélico de Tübingen, publicó (en alemán) el libro "Prisciliano: un reformador en el siglo IV", en el cual considera que Prisciliano fue un precursor de la reforma protestante.
Menéndez y Pelayo, aunque discrepa de la posición priscilianista dice:
"Quizás algún teólogo muy sabio y atento podrá descubrir en estos opúsculos alguna proposición que tenga que ver con las doctrina imputadas de antiguo a Prisciliano; yo no he acertado a encontrar sino el ascetismo más rígido, un gran desdén hacia la sabiduría profana y cierto singular estudio en evitar la acusación de maniqueismo, acaso por ser la que con más frecuencia se fulminaba contra él. A la vez, Menéndez y Pelayo critica a Prisciliano porque: "se presenta como un teólogo protestante que no acata más autoridad que la de la Biblia y se guía al interpretarla por los dictámenes de la propia razón" .
Liturgia
Las fuentes principales que informan de la particular liturgia del priscilianismo son los cánones promulgados en los sucesivos concilios. En el concilio de Caesaraugusta de 380, por ejemplo, se hace referencia a costumbres indeseables como «mujeres que asisten a lecturas de la Biblia en casas de hombres con quienes no tienen parentesco; el ayuno dominical y la ausencia de las iglesias durante la cuaresma; la recepción de las especies eucarísticas en la iglesia sin consumirlas de inmediato; el apartamiento en celdas y retiros en las montañas; andar descalzos (nudis pedibus incedere)».
Sus reuniones, frecuentemente nocturnas, en bosques, cuevas o en villae alejadas de las ciudades, y con el baile como una parte importante de la liturgia, incluían tanto a hombres como a mujeres. Sustituyó la consagración oficial con pan y vino por leche y uvas; acogió a las mujeres y los esclavos en las sesiones de lectura de textos bíblicos (incluyendo apócrifos).
Eclesiología
Intentó la reforma del clero a través del celibato y la pobreza voluntaria, y posteriormente amplió la reforma a todos los fieles. Abogó por la interpretación directa de los textos evangélicos, planteando el principio del libre examen. Exigió que la Iglesia volviera a unirse a los pobres. Enfatizó el estudio de los símbolos y la superación del literalismo en la interpretación de la Biblia.
Condenas
No es fácil separar las aserciones genuinas de Prisciliano de las atribuidas a él por sus enemigos, ni de las que posteriormente hicieron grupos que fueron etiquetados como "priscilianistas". Para lograr su condena, fue acusado de usar magia (delito castigado por la ley romana), de reuniones nocturnas con mujeres, gnosticismo y maniqueísmo, y posteriormente de negar que las tres personas de Dios son distintas y con ello negar el misterio de la Trinidad. Incorporó el concepto del emanatismo: el alma «surge» de una especie de almacén y debe descender hasta el mundo terrenal, donde es inevitablemente corrompida por el maligno. Este origen divino del alma, junto con la concepción sabeliana del dogma de la Trinidad, son los principales motivos de controversia teológica con los sectores más ortodoxos de la Iglesia.
Poema
Quiero desatar y quiero ser desatado. Quiero salvar y quiero ser salvado. Quiero ser engendrado. Quiero cantar; cantad todos. Quiero llorar: golpead vuestros pechos. Quiero adornar y quiero ser adornado. Soy lámpara para ti, que me ves. Soy puerta para ti, que llamas a ella. Tú ves lo que hago. No lo menciones La palabra engañó a todos, pero yo no fui completamente engañado.
(Himno a Jesucristo, atribuido a Prisciliano)